Tilsynsfolkene får kontorer klos op ad byggepladsen og direkte adgang til kajpladser i færgehavnen. Femern har fra årsskiftet lejet sig ind på et område i den østligste del af havnen, hvor Scandlines driver færgeruten Rødby-Puttgarden, og som energiselskabet E.ON tidligere har anvendt under anlægsarbejdet på havvindmølleparken Rødsand 2 syd for den lollandske kyst.
Tilsyn og sejladssikkerhedNår tunnelbyggeriet går i gang, skal bygherrens tilsynsorganisation være tæt på arbejdspladserne for at sikre, at entreprenørerne udfører deres arbejde i henhold til kontrakterne både på land og på havet.
Femern forventer også at anvende havneområdet i tilknytning til det kommende VTS-system, som myndighederne af hensyn til sejladssikkerheden i Femern Bælt planlægger at etablere i Travemünde. Femern VTS systemet skal efter planen være i drift et år inden selve anlægsarbejdet på tunnelen går i gang, forventeligt i 2015.
I løbet af 2013 er de store opgaver for Femern A/S:
* Aflevere ansøgning om myndighedsgodkendelse i Tyskland.
* Levere materialet til den danske myndighedsgodkendelse i form af en VVM-redegørelse.
* Udarbejde udbudsbetingelser til entreprenørerne.